За місяць, 4-го і 5-го лютого, відбулась Ялтинська конференція, на якій було здійснено переділ сфер впливу у світі. Як наслідок, вже на середину березня 1945 року Йосифу Сталіну була надіслана для ознайомлення підготовлена таємна інструкція № 58 «Про заходи щодо приєднання греко-католицьких парафій у СРСР до Руської православної церкви, використання старокатолицької церкви для створення опозиції Ватикану у західних республіках СРСР, зміцнення впливу Руської православної церкви за кордоном та організації всесвітньої конференції християнських церков». Це означало початок ліквідації греко-католицької Церкви.
Перед здійсненням цього плану НКВС намагався використати Архимандрита о. Климентія, щоби переконати провід УПА скласти зброю. Один із таких епізодів є відомий завдяки агентурному повідомленню про зустріч полковника НКВС і о. Климентія на квартирі свого брата у Львові, що мало місце 21 березня 1945 року.
[Патріарх Йосиф Сліпий у документах радянських органів державної безпеки (1939-1987): у 2-х т. / [Упоряд. Сергійчук В.]. — Т. І. — К., 2012. — 656 с., Т. ІІ — К., 2012 — С. 117–126]
Передчуваючи близьку «більшовицьку лавину», яка котилася на греко-католицьке духовенство та чернецтво, у березні 1945 року о. Климентій пише до монашої спільноти своє Слово під назвою «Пересторога до всіх братів-іноків студійського Уставу». Ось кілька фрагментів цієї праці:
«Зло вміє прибирати різні види, а вже найнебезпечнішим є зло, що себе вдягає в шати чогось доброго й святого, щоби так оманути многих.
Основною правдою християнської аскези є: «Все на славу Божу» — отже, нічого на мою, людську славу. Тільки Богові і тому, що Боже, належиться дійсно слава та задля неї, боголюбні й богомільні, честь і поклін. Чоловікові як такому слава не належиться. Сам із себе він є зером; через гріх став він числом, і то часом великим числом, але таким, що має перед собою знак заперечення («-» мінус), значиться, природна порожнеча його істоти набирає змісту, якого вартість є від’ємною, є злом. Через пізнання злого, набуте в раю, участю чоловіка стала жахлива здібність ставати з нічого «чимось» і то чимось злим, а до того, з власної свобідної волі…
Якщо б попри Божу славу своєї власної слави шукали — нищать, руйнують усе, рискують, що колись у день вічності стануть перед Суддею не лиш із порожніми руками, але з тяжкою провиною, що за життя в найважливішій справі не віддали Богові того, що Богу належалось. Небезпека велика. У серці кожного чоловіка живе честолюбність. В одних вона криється, в інших явно виступає, але в усіх є, і доперла силою Божої ласки мусить бути омертвлена. Та честолюбність ставить у серці як ідола своє «я», ставить на престолі, і хотіла б, щоби всі йому кланялись, йому кадило почитання-прославлення приносили, не Богові, а тому ідолові…
Ціль монаха ясна: святість, що її дають євангельські ради й обіт; святість, яку в душу впроваджує молитва; святість, яку здобуває праця, покірна, з послуху прийнята. І розум, і воля, і серце мають вповні аж до самого дна свого бути тим ідеалом перейняті, до нього постійно наближатися (…)».
[Шептицький Климентій блаженний преподобномученик. Збірка творів… — С. 99–108]
Далі о. Климентій розвиває думку про сутність монашого покликання, про тайну священства й душпастирство, відповідальність священиків перед Господом Богом, війну проти диявола, про любов. Цей твір не є великим за обсягом, проте зміст його безмежно глибокий. Мета його — дати настанови перед катастрофою, з якою, здавалось би, несподівано зіткнулася греко-католицька Церква. Насправді ця катастрофа старанно готувалась останні місяці. І цей день настав.
У своїх пізніших спогадах Митрополит Сліпий так описав початки відкритої агресії проти греко-католицької Церкви:
«Тим часом Ярослав Галан почав виписувати різні памфлети, «Плюю на Папу» і т. п., зогиджуючи нашу Церкву, і мав сказати, що він не згине своєю смертю, передчуваючи, що його за то чекає. Вже перед самим арештом я запросив єпископів Будку й Чарнецького, протоігумена отців-редемптористів о. Де Вохта й отця-архимандрита Климентія та заявив їм, що їх іменую, на всякий випадок, адміністраторами. Отець Де Вохт дуже здивувався і сказав, що нема жодної причини до того, бо справи йдуть дуже добре й нема ніяких побоювань. Одначе я остав при свойому, і на тім вони розійшлися. Справді, ще не було ніяких конкретних познак до репресій, але я самометно хотів забезпечити Церкву».
[Сліпий Й. Спомини / Й. Сліпий. — Львів-Рим: Видавництво УКУ, 2014. — C….]
Під час згаданої зустрічі — 9 квітня 1945 року — Митрополит Йосиф призначив усіх вищевказаних чотирьох осіб адміністраторами Львівської архиєпархії, тобто офіційними своїми правонаступниками у разі свого ув’язнення.
Вранці 11 квітня 1945 р. Святоюрську гору й Собор оточив кордон міліції. У такий спосіб намагались ізолювати його мешканців та не допустити вивезення документації й цінностей. Увечері того ж дня, близько 19-ої години, велика група офіцерів держбезпеки увійшла до митрополичих палат — Йосифу Сліпому вручили ордер на арешт. Єпископів Микиту Будку й Миколая Чарнецького, а також кількох інших священиків заарештували того ж дня. Усіх негайно було перевезено до Києва. Від 12 до 14 квітня тривав ретельний обшук на Святоюрській горі: в митрополичих палатах, соборі та крипті, помешканнях священиків тощо. Тоді ж було конфісковано митрополичий архів та бібліотеку покійного Митрополита. Станом на 21 квітня 1945 р. органами держбезпеки у Львівській області заарештовано 33 особи: митрополита, 2-ох єпископів, 20-ть священиків, 2-ох деканів, 3-ох семінаристів та 5-ох мирян. Одночасно енкаведисти провели обшуки в Богословській Академії, семінарії, дяківській школі. Ці навчальні заклади відразу ж закрили, а затриманих 159-ть студентів відправили до призовних пунктів місцевих військкоматів.
[Більш детальніше див.: Боцюрків Б., Українська Греко-Католицька Церква і Радянська держава (1939-1950)… — С. 100–103]
Під час арешту Митрополита Сліпого, згідно плану арештів, затвердженого народним комісаром-міністром державної безпеки Української РСР Сергієм Савченком, о. Климентія й о. Івана Котіва від 9 квітня 1945 року наказано не обшукувати.
[Ліквідація УГКЦ (1939–1946). Документи радянських органів державної безпеки. / [Упоряд. Сергійчук М.]. — К., 2006. — Т. І. — С. 465]
Незадовго до арешту єпископату з-під пера о. Климентія світ побачила ще одна праця, метою якої було підготувати до тяжких часів не тільки священство й монашество, але і простих мирян. «Віра. Надія. Любов» — така назва послання, датованого 2 квітня 1945 року. «У катехизмі, — писав о. Климентій, — сказано, що є три Божі чесноти, а саме: Віра, Надія й Любов. Вони тому названі «Божі», бо відносяться безпосередньо до Господа Бога, інші ж управильнюють наші відносини до ближніх, до себе самих та до окружаючого нас світу». Відтак, о. Климентій залишає у праці три настанови, підсумування яких тут коротко подамо:
— «…Щодня повторюймо ту молитву: «Ісусе, скріпи мою віру» — а, напевно, не дізнаємось ні заводу, ні розчарування, бо якщо треба в щось сліпо вірити, то в Доброту, в Любов, у Милосердя Нашого Бога. А що варто про дар Віри просити, свідчить Апостол великомовним словом: «Та є побіда, що побідила світ — віра наша (Йо. 5,4). Але молімося про ту чесноту і набуваймо її якнайревніше, бо нічого так, як Віра, не зближає нас до Самого Господа Бога»;
— «…Кожен із нас, напевно, стрічав у своєму житті людей благородних і благодійних, які радо в міру сил своїх другим помагали й добре робили. Найпевнішим ключем до їх серця й до їх щедрості буде все сильно пересвідчена сильна Надія в їхню доброту, а також наглядна нужда й дійсна потреба того, хто о поміч просить. У безкінечній мірі є те саме і в нашім відношенні до Господа Бога; Ключем до Його щедрості — то наше пересвідчення про безконечну Його Благость і Надія, що на тім опирається, а з іншої сторони, покірний відклик на нашу нужду, неміч і конечну потребу порятунку від Нього, від Предоброго Бога. Часто, отже, повторюймо слова Пс. 24 «Боже мой, на Тя уповах, да не постиджуся во вік».
— «…Заповідь любові заказує робити ближньому зло, а приказує робити добро; злого ближньому не вільно ані бажати, ані робити чи словом, чи ділом; не вільно йому шкодити ані на майні, ані на здоров’ї тіла, ані на славі, а робити добро ближньому наказує заповідь любові до ближнього в міру власної спромоги і в міру існуючих обставин… Степень осягнення тут, на землі, Любови до Бога й до ближнього рішає, без сумніву, також і про степень вічної нашої слави в Небі. Тож у молитві ніколи досить не можемо просити про Ласку Любови, а при тім користаймо з кожної нагоди, що їх щодня приносить із собою життя, щоб умножити діла любові. Мірою правдивої духовної величі чоловіка є, головним чином, великість любові, що живе в його серці».
[Шептицький Климентій блаженний преподобномученик. Збірка творів… — С. 109–118]
Архимандрит о. Климентій залишився в цей час найвищим і безсумнівним авторитетом на волі серед греко-католиків, а з моменту ліквідації Церкви у 1946 році — і її духовним провідником. Оскільки Митрополит Йосиф назначив його також адміністратором Львівської архиєпархії, то це дає змогу стверджувати, що з моменту ув’язнення Митрополита о. Климентій став на чолі греко-католицької Церкви.
За місяць після цих трагічних подій о. Климентій пише листа до рідні в Корчині, вже у Польщі. Це був другий лист, написаний того року.
Львів, 11.05.1945 р.
Станіславові Шептицькому — Корчина
Мої Найдорожчі!
Писав до Вас кілька тижнів тому, доносячи про смерть нашого дорогого Митрополита, який помер 1 листопада близько 2-ої після полудня від водяної пухлини, яка і до серця досягла. Від 18 жовтня уже не вставав із ліжка, а останні три дні вже нічого не говорив. Похорон був дуже урочистим — 5 листопада — через усе місто. Тепер настали для нас важкі часи. Заарештовано місяць тому весь греко-католицький єпископат — тиснуть, щоби переходити на православ’я. Дякувати Господу, духівництво у своїй моральній цілості сильно стоїть при вірі й не сходить на бездоріжжя, незважаючи на ув’язнення, погрози тощо. Важкі часи настали, але Бог Добрий і не залишить нас у біді. Я ще мешкаю в Юра, у давній моїй кімнаті, але не знаю, як довго це триватиме і що принесе завтрашній день.
Адресую до Гані, бо так мій лист найлегше Ваших рук дійде.
На 8 травня пам’ятаю про Корчину й дорогих іменинників. Маю надію, що всі у Вас здорові. Останнє від Вас повідомлення — це був лист Гані від жовтня 1944, який надійшов якось у квітні.
Бог із Вами всіма, мої дуже дорогі. Чи Зося з дітьми далі в Хробжу, а чи Ви маєте з чого жити, бо такий довгий фронт мусив усі запаси поглинути?
Ще раз — вітання, найсердечніші обійми. Чи ще колись тут, на землі, ми побачимось? Може, вже ні, але на землі життя не закінчується, тому, в кожному разі, — до побачення. Бог з Вами.
Ваш щиро серцем Климент